guarda installando ubuntu da live CD ti faceva scegliere a te dove installare appunto i file di ubuntu, ti faceva scegliere se partizionare il disco, se sovrascrivere windows e così via
quindi penso proprio che tu abbia sovrascritto i file di windows quando l'hai provato per la prima volta
un altro metodo di installazione è tramite il programma Wubi, ti linko una guida: viewtopic.php?f=35&t=10069
in ogni caso ti dico che ho sul mio portatile ho sia vista che ubuntu e mi ci trovo benssimo, senza alcun tipo di problema si incompatibilità