Non ho capito molto bene la tua richiesta, ma anche io ho un iphone jb e non è il primo che uso anzi è il quarto. Io faccio sempre backup con itunes e non ho mai avuto problemi, itunes ti fa il backup sia delle app originali sia delle app prese non da appstore. L'unica cosa che non fa è salvare i pacchetti di cydia xke sono 2 cose completamente diverse. Quindi se tu fai un backup e poi elimini un app dal telefono potrai sempre rimetterla visto che itunes l'ha salvata.. L'unica cosa è che se tu ripristinassi il telefono x rimettere tutte le app dovrai rifare il jb altrimenti le app prese non dall'appstore non verranno caricate..