siamo qui apposta per aiutarti
dunque.. come prima cosa tieni presente che per iPhone 4S al momento non è disponibile nessun jb di iOS 6. per cui se decidessi di aggiornare, sappi che dovrai rimanere senza Cydia e relativi tweak fino al rilascio di un nuovo jb.
se decidi comunque di aggiornare, puoi farlo benissimo senza problemi. basta semplicemente che metti l'iPhone in DFU e fai "ripristina" da iTunes.
ovviamente per non perdere i dati ti consiglio di fare un backup : puoi usare benissimo iTunes, ma se invece vuoi un backup "pulito" ( dato che andresti a ripristinare un backup jb su un iPhone non jb ) è meglio usare iCloud.
se qualcosa non ti è chiaro chiedi pure