Mi pare strano che l'assistenza non abbia fatto storie quando il telefono aveva la 4.2.2 con permessi di root (di sicuro una custom rom, perché la 4.2.2 Samsung per Note 2 non c'è), che poi abbia messo la 4.3 leaked, e che ora ti faccia storie su una configurazione che hanno effettuato loro.
Potresti flashare la 4.3 ufficiale, ma poi ti si attiverà il contatore Knox. In alternativa, potresti tentare con l'ultima 4.1.2 ufficiale ITA no brand, e se l'IMEI non torna, mettere il modem XXDME4 (qui).